1、Etienne Becht等人2019年在Nature Biotechnology上发表一篇文章将其应用在生物学数据上并阐述了UMAP在处理单细胞数据方面的应用和优势。 如果你不知道tSNE是什么，它是如何工作的，也没有读过2008年的革命性的van der Maaten & Hinton原稿，可以参考我的那文章 10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识） 。
2、X Genomics提供的空间转录组数据和单细胞数据联合分析主要涉及以下几种主流方法：共表达分析：使用共表达网络分析（WGCNA）或其他相关性分析方法，识别在不同细胞类型或组织区域中共同表达的基因。空间映射和细胞类型注释：使用单细胞数据对空间转录组数据中的细胞进行类型注释。
3、例如， BayesSpace（ 大家可以参考文章 10X空间转录组聚类分析之BayesSpace算法聚类 ） 是一种贝叶斯统计方法， 它通过在先验中引入空间相邻结构来鼓励相邻点属于同一cluster。
1、使用流式细胞仪采集所需的细胞数据。流式细胞仪软件中导出原始数据文件。使用适当的数据处理软件，如FlowJo、FCSExpress等，打开导出的数据文件，使用平滑算法对数据进行平滑处理，以生成平滑的曲线。
2、一）单参数直方图单参数直方图是一维数据用得最多的图形显示形式，既可用于定性分析，又可用于定量分析，形同一般X-Y平面描图仪给出的曲线。根据选择放大器类型不同，横坐标可以是线性标度或对数标度。用信道来表示，实质上是所测的荧光或散射光的强度。纵坐标一般表示的是细胞的相对数。
3、流式细胞术（flow cytometry， FCM）是以流式细胞仪为检测手段的一项能快速、精确的对单个细胞理化特性进行多参数定量分析和分选的新技术。
4、流式细胞仪在使用前，甚至在使用过程中都要精心进行调试，以保证工作的可靠性和最佳性。调试的项目主要是激光强度、液流速度和测量区的光路等。激光强度：除调整反射镜的角度以调整到所需波长的激光出光外，还要结合显示屏上的光谱曲线使激光的强度输出为最大。
5、在使用中还要注意安装位置不同的PMT，因为光谱响应特性不同，不宜互换。也有用硅光电二极管的，它在强光下稳定性比PMT好。从PMT输出的电信号仍然较弱，需要经过放大后才能输入分析仪器。流式细胞计中一般备有两类放大器。一类是输出信号辐度与输入信号成线性关系，称为线性放大器。
6、通用原则是：为表达最弱的抗原选择染色指数最高的荧光素。根据使用的流式细胞仪性能、激光器、滤光片种类来选择。对于多色实验，需选择发射光谱重叠小的染料。参数设定 数据的获取必须是在仪器性能的校准均合格的基础上进行。
1、使用如Wave软件（安捷伦细胞分析软件）进行数据查看，通过对比图13（ECAR与OCR的对立趋势揭示代谢动态），标准化校正（14节）处理不均细胞密度，从而更好地理解代谢状态。图15展示OCR与ECAR的整体概览，以及实验数据的呈现，确保孔温与环境温度相近。
2、Seahorse XF 测量是一种无损测量方法，因此，当在每孔中依次加入四种不同药物时，可重复测量相同细胞群的代谢速率 总分析时间一般为 60 到 90 分钟。完成 XF 分析后，可在同一板上进行其他类型的生物分析，例如细胞活性等。
3、Seahorse检测技术采用微孔板对细胞进行培养，并实时监测在不同药物作用下细胞的耗氧率（OCR）和胞外酸化率（ECAR），以此来评估细胞的代谢活动。 OCR反映了线粒体电子传递过程，而ECAR则与乳酸发酵（糖酵解）以及线粒体产生的二氧化碳相关。OCR主要用于研究线粒体的氧化磷酸化功能。
4、Seahorse检测时将细胞培养在专用的微孔板上，实时检测加入不同药物后的耗氧率（O2 consumption rate，OCR）和胞外酸化率（extracellular acidification rate，ECAR），来表征细胞的代谢状况。其中OCR由线粒体电子传递造成，ECAR则源自乳酸发酵（糖酵解酸化）和线粒体产生的二氧化碳（线粒体酸化）。
在选定添加线的时候，注意要先右键 设为活动。然后在不处理，不然就是默认值，我当时摸索了半天。大家自己试试就会明白了。
如果药物有抑制细胞活性的作用，习惯上称之为IC50（称呼而已）。【实例操作1】细胞毒实验计算IC50 · 细胞毒实验：SRB法，MTT法 · 阴性对照组Concrol：给药浓度为0的含细胞的孔，实验中以该组细胞活力当成100%。· 空白组Blank：无细胞的孔，用于吸光度的调零（扣掉96孔板自身的一点儿吸光度）。
药物组织分布用Drug And Statistics软件算。药物组织分布是指药物吸收后随血液循环到各组织间液和细胞内液的过程。
兼容性方面“苏堤”GPU支持英特尔、AMD、飞腾、龙芯、兆芯、海光等CPU，并兼容Windows、Linux、麒麟、统信等主流操作系统。
已经画好了这个柱状图，但是感觉图例颜色不好看，想更换其颜色。然后双击该柱子，edit mode中选择independent。然后进入新的界面，在color中可以看到偶很多种颜色分类，可以选择自己喜欢了，这里选择blue。选择完成之后，然后点击选择ok即可。
scater使用 calculateQCMetrics 函数计算QC metrics，它可以对细胞和基因进行一系列的数据质量控制，其结果分别存储在colData和rowData中。默认情况下，calculateQCMetrics函数使用原始的count值计算这些QC metrics，也可以通过exprs_values参数进行修改。
对于大量RNA测序数据分析，消除成分偏差是一个经过充分研究的问题。可以使用 DESeq2 包中的 estimateSizeFactorsFromMatrix（） 函数或 edgeR 包中的 calcNormFactors（） 函数来执行规范化。这些假设大多数基因不是细胞之间的DE。